西元2029年，在星球被企業的網路所覆蓋，即使受到電子與光所環繞，資訊化的程度依然不足以讓國家和民族消失的近未來，資訊化的網路層層包覆著地球，在另一方面，電腦犯罪與網路恐怖攻擊卻也成為了這個時代的日常。

隸屬於公安9課、通稱「攻殼機動隊」的草薙素子，著手展開對遭到國際通緝的神祕駭客「傀儡師」的調查行動，「傀儡師」是因為其駭入大腦以操縱不同對象的記憶與行動，這種特徵鮮明的犯罪手法而被賦予的代號，但其真實身分卻始終成謎。

在一連串事件的調查過程中，草薙似乎正一步步地逼近傀儡師。然而實際上，傀儡師也正試圖接近草薙。最終，傀儡師終於現身在草薙的面前……