本片為柯南劇場版系列第28彈作品，故事背景首次以長野縣為舞台，描述長野縣警大和敢助在八岳連峰未寶岳的雪山中追捕「某名男子」時，左眼不幸受到槍擊，在一聲轟隆巨響之後，大和敢助隨即被雪崩所埋沒。

10個月後，國立天文台野邊山設施所屬研究人員遭人襲擊，在接獲通報之後，從雪崩中奇蹟生還的敢助與同事上原由衣，立即趕往現場進行調查。然而，隨著天文台巨型天線的啟動，敢助受傷的左眼卻突然感受到無端的劇烈疼痛。

另一方面，毛利小五郎接到一通電話，得知他任職警視廳時期的老友同事「鱷魚」，正在調查10個月前的雪崩事件，而事件資料中卻出現小五郎的名字。在雙方會面當日，柯南跟隨小五郎一同前往約定地點，不料途中卻突然傳出巨大的槍響......